Pada keberjalanan Kabinet Indonesia Bersatu berjalan, PPP memutuskan bergabung dengan koalisi yang sebelumnya pernah menjadi anggota Koalisi Kebangsaan, yang menurut Megawati Soekarnoputri, PDI-P memiliki pemahaman berbeda soal koalisi dan menyayangkan beragamnya pemahaman koalisi yang justru membuat arti koalisi semakin kabur.[6]