Asal-usul
Nubia Kristen, yang diwakili oleh dua kerajaan abad pertengahan, Makuria dan Alodia, mulai mengalami kemunduran sejak abad ke-12. Sekitar tahun 1365, Kerajaan Makuria hampir sepenuhnya runtuh dan hanya tersisa sebagai negara kecil di Nubia Hilir, sebelum akhirnya lenyap sekitar 150 tahun kemudian. Nasib Alodia tidak terlalu jelas; beberapa kajian arkeologis menunjukkan bahwa kerajaannya mungkin telah runtuh sejak abad ke-12 atau tak lama sesudahnya, ketika ibu kotanya, Soba, tidak lagi digunakan. Pada abad ke-13, wilayah Sudan tengah tampaknya terpecah menjadi sejumlah negara kecil.
Antara abad ke-14 dan ke-15, wilayah Sudan diduduki oleh suku-suku Badui yang memperkenalkan agama Islam dan bahasa Arab ke daerah tersebut.[3] Pada abad ke-15, salah satu tokoh Badui yang disebut dalam tradisi Sudan sebagai Abdallah Jammah dari suku Abdallabi membentuk federasi kesukuan dan menghancurkan sisa-sisa Kerajaan Alodia. Pada awal abad ke-16, federasi ini diserang oleh bangsa Funj dari selatan, kelompok penggembala nomaden yang masih menganut kepercayaan tradisional.[10]: 407
Asal-usul dan afiliasi etnis bangsa Funj masih menjadi perdebatan di kalangan sejarawan. Beberapa teori menyebut mereka berasal dari bangsa Nubia atau Shilluk, sementara teori lain berpendapat bahwa Funj bukan kelompok etnis melainkan kelas sosial. Asal-usul lain yang mungkin termasuk dari Bornu, Eritrea, atau Etiopia bagian utara.[11] Tradisi Sudan menyebut bahwa para penguasa Funj menurunkan garis keturunan dari Bani Umayyah.[10]: 407, 411 [12]: 173
Pada abad ke-14, seorang pedagang Muslim bernama al-Hajj Faraj al-Funi dari bangsa Funj telah terlibat dalam perdagangan Laut Merah. Berdasarkan tradisi lisan, suku Dinka yang bermigrasi ke hulu Sungai Nil Putih dan Nil Biru setelah runtuhnya Alodia sempat berkonflik dengan bangsa Funj dan berhasil mengalahkan mereka. Pada akhir abad ke-15 hingga awal abad ke-16, suku Shilluk tiba di pertemuan Sungai Sobat dan Nil Putih, di mana mereka berhadapan dengan masyarakat menetap yang disebut dalam tradisi mereka sebagai Apfuny, Obwongo, atau Dongo — yang kemudian diidentifikasi sebagai bangsa Funj. Bangsa Funj, yang dianggap lebih maju, akhirnya dikalahkan dalam serangkaian perang dan dipaksa untuk berasimilasi atau berpindah ke utara.
Terdapat dua versi mengenai pendirian Kesultanan Funj pada tahun 1504. Versi pertama, yang tercatat dalam Kronik Funj (disusun pada abad ke-19), menyebut bahwa kepala suku Funj bernama Amara Dunqas bersekutu dengan Abdallah Jammah untuk menaklukkan Soba, meskipun sebagian sejarawan menilai bahwa suku Abdallabi telah menaklukkan Soba lebih dahulu.[12]: 172 Versi kedua, sebagaimana dicatat oleh penjelajah James Bruce, menggambarkan adanya pertempuran di dekat Arbadji antara kedua pihak tersebut. Terlepas dari perbedaannya, Kesultanan Funj berdiri, dengan para kepala suku Abdallabi menempati posisi bawahan,[10]: 407 dan bangsa Funj dengan cepat memeluk Islam.[12]: 173
Pada tahun 1523, kerajaan ini dikunjungi oleh penjelajah Yahudi David Reubeni, yang menyamar sebagai seorang syarif. Dalam catatannya, Reubeni menggambarkan penguasa Amara Dunqas sebagai seorang Muslim yang sering berkeliling wilayahnya.[12]: 173 Ia dikatakan memerintah atas “orang kulit hitam dan kulit putih” di wilayah yang membentang dari selatan pertemuan Sungai Nil hingga sejauh utara Dongola, memiliki kawanan ternak dalam jumlah besar, dan memimpin banyak pasukan berkuda.