KEK ini telah ditetapkan melalui Peraturan Pemerintah Nomor 29 Tahun 2012 pada tanggal 27 Februari 2012. KEK Sei Mangkei difokuskan untuk kegiatan pengembangan Industri PengolahanKelapa sawit dan Karet.[2] KEK Sei Mangkei ditargetkan untuk siap beroperasi dan diperkirakan untuk menerima investasi pada tanggal 16 Mei 2017. KEK Sei Mangkei adalah KEK pertama di Indonesia yang diresmikan oleh PresidenJoko Widodo pada tanggal 27 Januari 2015.[3] Kawasan Ekonomi Khusus Sei Mangkei sedang dibangun bersama dengan Pelabuhan Kuala Tanjung sebagai bagian dari strategi untuk menjadikan Sumatera Utara sebagai hub internasional.[4] KEK Sei Mangkei terhubung dengan Pelabuhan Kuala Tanjung dengan jalur kereta api sepanjang 30 kilometer.[5]
Hingga akhir tahun 2017, KEK Sei Mangkei menyerap investasi senilai Rp 10,5 triliun, termasuk pabrik Oleo-chemical dari Unilever Indonesia.[6]