Kamp pengungsi Khan Yunis didirikan setelah Perang Arab-Israel tahun 1948, menampung sekitar 35.000 pengungsi Palestina, yang melarikan diri atau diusir oleh milisi Zionis dari rumah mereka. Pada tanggal 3 November 1956, kamp dan kota Khan Yunis diduduki oleh Pasukan Pertahanan Israel. Dalam operasi berikutnya, sekitar 275 warga Palestina dibunuh oleh pasukan Israel, termasuk 140 pengungsi dari kamp tersebut, yang kemudian dikenal sebagai pembantaian Khan Yunis. Penduduk menyatakan bahwa sebagian besar korban terjadi setelah permusuhan berakhir, ketika tentara menggeledah rumah-rumah untuk mencari orang-orang yang diduga bersenjata. Namun, pihak berwenang Israel menyatakan korban jiwa tersebut merupakan akibat perlawanan warga kamp.[3]
Menurut UNRWA, banyak penghuni kamp tersebut kehilangan rumah akibat operasi militer Israel. UNRWA memulai upaya rekonstruksi pada awal tahun 2000an, tetapi sebagian besar pekerjaan terhenti karena blokade yang diberlakukan oleh Israel di Jalur Gaza setelah pengambilalihan wilayah tersebut oleh Hamas. UNRWA mengatakan bahwa setidaknya 10.000 rumah perlu dibangun.[2]
