Kadipaten ini pada akhirnya jatuh ke tangan Austria Habsburg dengan ditandatanganinya Traktat Baden (1714) yang mengakhiri Perang Penerus Spanyol. Kadipaten Milan tetap berada di bawah kekuasaan Austria hingga tahun 1796, ketika tentara Prancis di bawah pimpinan Napoleon Bonaparte menaklukannya. Kadipaten ini dibubarkan setahun kemudian setelah ditandatanganinya Traktat Campo Formio; dalam traktat tersebut, Austria menyerahkan Kadipaten Milan kepada Republik Cisalpina yang merupakan negara boneka Prancis.
Setelah kekalahan Napoleon, Kongres Wina tahun 1815 mengembailan negara-negara yang telah dihancurkan Napoleon, tetapi Kadipaten Milan tidak didirikan kembali. Wilayahnya malah menjadi bagian dari Kerajaan Lombardia-Venesia, dengan Kaisar Austria sebagai rajanya. Pada tahun 1859, Lombardia diserahkan kepada Kerajaan Piedmont-Sardinia, yang akan menjadi Kerajaan Italia pada tahun 1861.