Masuda lahir pada 12 Januari 1968 di Yokohama, Prefektur Kanagawa, Jepang.[2] Pada masa kecil, keluarganya sering mengunjungi Kyūshū, di mana beberapa kerabatnya tinggal. Disana, ia menjalani waktunya dengan menangkap ikan dan serangga, sebuah kegiatan yang kemudian memengaruhi rancangan permainan videonya. Masuda memodelkan Kawasan Hoenn pada serial Pokémon berdasarkan pada keadaan Kyūshū dalam upaya menyegarkan kembali kenangan-kenangan musim panasnya disana.[3] Di SMA, Masuda memainkan trombone; ia kemudian mempelajari musik klasik, dan memainkan karya-karya seperti The Rite of Spring karya Igor Stravinsky dan Symphony No. 5 karya Shostakovich.[4]
↑Masuda, Junichi (2010). "Profile". Hidden Power of Masuda: Director's Column. Game Freak. Diarsipkan dari asli tanggal 2012-08-30. Diakses tanggal 30 May 2010.
↑Masuda, Junichi (9 September 2004). "No. 15". Hidden Power of Masuda: Director's Column. Game Freak. Diarsipkan dari asli tanggal 2012-03-11. Diakses tanggal 3 June 2010.
↑Masuda, Junichi (4 October 2007). "No. 109". Hidden Power of Masuda: Director's Column. Game Freak. Diarsipkan dari asli tanggal 2012-03-11. Diakses tanggal 3 June 2010.
↑Masuda, Junichi (12 June 2007). "No. 86". Hidden Power of Masuda: Director's Column. Game Freak. Diarsipkan dari asli tanggal 2012-03-11. Diakses tanggal 3 June 2010.
↑Masuda, Junichi (2 September 2004). "No. 13". Hidden Power of Masuda: Director's Column. Game Freak. Diarsipkan dari asli tanggal 2012-03-11. Diakses tanggal 3 June 2010.
↑Masuda, Junichi (28 October 2004). "No. 24". Hidden Power of Masuda: Director's Column. Game Freak. Diarsipkan dari asli tanggal 2012-03-11. Diakses tanggal 3 June 2010.
