Wattilete lahir di Belanda dari ayah asal Maluku Selatan dan ibu asal Belanda. Ia tumbuh di Bemmel dan belajar hukum di Universitas Katolik Nijmegen (sekarang berganti nama menjadi Universitas Radboud Nijmegen). Ia lulus pada tahun 1983 dan menjadi pengacara di firma hukum Amsterdam Wattilete Advocaten.
Ia terlibat dalam gerakan pemuda Maluku Collectief '91, yang menganggap kebijakan pemerintahan Republik Maluku Selatan di pengasingan (RMS) terlalu lunak. Pada pertemuan pertama mereka, presiden pengasingan saat itu Johan Manusama tiba-tiba masuk untuk mendengar kritik mereka. Tak lama kemudian, John Wattilete menjadi eksekutifnya.
Sejak tahun 1995, ia mengelola posisi Urusan Umum dalam kabinet RMS di pengasingan. Pada tahun 1999 ia melakukan perjalanan ke Indonesia dua kali dengan Pendeta Otto Matulessy sebagai delegasi RMS. Mereka bertemu dengan presiden Indonesia B. J. Habibie dan kemudian dengan penggantinya Abdurrahman Wahid. Selama periode itu, terjadi ketegangan hebat di Maluku Selatan antara penduduk Kristen dan Muslim di wilayah tersebut dan sebagai akibat dari pertikaian sipil tersebut, banyak orang terbunuh dan terluka di kedua belah pihak. Presiden RMS saat itu Frans Tutuhatunewa tidak begitu senang dengan delegasi yang dipelopori oleh Wattilete dan Matulessy. Dalam retrospeksi, Wattilete yang lebih pragmatis juga mengakui bahwa percakapan tersebut sia-sia dan tidak menghasilkan apa pun.
Sekitar tahun 2003, Wattilete menggantikan Pieter Thenu sebagai Perdana Menteri/Wakil Presiden RMS. Pada bulan April 2009, diumumkan bahwa Presiden Tutuhatunewa akan segera pensiun dan Wattilete akan menjadi calon pengganti Presiden Tutuhatunewa yang kini berusia 85 tahun. Wattilete menjadi presiden RMS dan dilantik pada tanggal 17 April 2010. Hampir seluruh manajemen RMS terdiri dari orang-orang Maluku yang lahir atau bermukim di Belanda. Ia membuat pernyataan dalam sebuah wawancara dengan Nederlands Dagblad yang mengatakan bahwa orang-orang Maluku harus dapat berbicara dengan bebas tentang masa depan politik pulau-pulau mereka dan bahwa baik pemerintah Indonesia maupun pemerintah RMS di pengasingan harus mematuhi hasil tersebut. Jika orang-orang Maluku menunjukkan bahwa mereka tidak lagi berjuang untuk negara mereka sendiri, Wattilete akan siap untuk memberikan konsekuensinya, seperti yang dikatakannya. Bila kemerdekaan tidak dikehendaki, ia berpendapat bahwa pemerintahannya akan menerima status otonomi tetapi sebagai bagian dari negara Indonesia untuk sementara waktu (situasinya mirip dengan Aceh), dengan suara yang lebih besar dari rakyat Maluku dalam urusan Maluku mereka sendiri.
