Saat di Guthrie, ia merekrut para murid kolese untuk mengabdi sebagai sukarelawan di kalangan orang miskin.[2] Sullivan menjadi pastor Paroki Santo Yakobus di Kota Oklahoma pada 1959.[1] Dari 1961 sampai 1968, ia menjadi direktur nasional sukarelawan awam untuk Catholic Church Extension Society.[2] Kembali ke Tulsa, ia diangkat menjadi pastor Gereja Paroki Madalene dan vikaris episkopal untuk Oklahoma Timur.[2]
Sullivan diangkat menjadi uskup Kota Kansas-St. Joseph keenam oleh Paus Paulus VI pada 27 Juni 1977. Ia dilantik pada 17 Agustus 1977.[3] Setelah didiagnosa mengidap penyakit Parkinson,[2] Sullivan mengajukan pensiun dini kepada Vatikan. Paus Yohanes Paulus II menerima kepensiunannya dari jabatan uskup Kota Kansas-Saint Joseph pada 22 Juni 1993.[3]
John Sullivan meninggal pada 11 Februari 2001, di Jeanne Jugan Center, Kota Kansas, Missouri dalam usia 80 tahun.[2]