Favalora menjabat sebagai asisten pastor Paroki Santa Teresa dari Kanak-Kanak Yesus di Duson, Louisiana, dari 1962 sampai 1970. Selain tugas-tugasnya di St. Theresa, Favalora menjabat sebagai wakil rektor St. John Vianney Preparatory School di New Orleans pada 1964. Pada 1968, ia diangkat menjadi kepala sekolah. Pada 1973, Favalora mulai menjalani masa jabatan enam tahun sebagai pastor Paroki Santa Angela Merici di Metairie, Louisiana. Pada 1979, ia diangkat menjadi direktur Jawatan Vokasi. Uskup Agung Philip M. Hannan mengangkat Favalora menjadi rektor/presiden Seminari Notre Dame pada 1981.[4]
Uskup Alexandria
Favalora bertemu di Little Haiti dengan Wakil Presiden Joe Biden, Menteri Keamanan Dalam Negeri Janet Napolitano dan istri Wakil Presiden Jill Biden (2010)
Pada 14 Maret 1989, Favalora diangkat oleh Paus Yohanes Paulus II menjadi uskup St. Petersburg ketiga. Favalora dilantik pada 16 Mei 1989.[5][6]
Uskup Agung Miami
Pada 3 November 1994, Favalora diangkat oleh Paus Yohanes Paulus II sebagai uskup agung Miami ketiga. Favalora dilantik pada 20 Desember 1994, di Katedral Santa Maria, Miami.[7]
Pensiun
Paus Benediktus XVI menerima pengunduran diri Favarola dari jabatan uskup agung Miami pada 20 April 2010, delapan bulan sebelum ia mencapai usia pensiun wajib tujuh puluh lima tahun.[2]