Setelah kematian suaminya, Jeanne menikah dengan Jean II dari Prancis pada tanggal 13 Februari 1349; ia menjadi Permaisuri Prancis pada tahun berikutnya. Pernikahan tersebut merupakan pernikahan kedua bagi mereka, istri pertama Jean, Bonne dari Bohemia, meninggal dari Maut Hitam dan meninggalkan Jean dengan delapan orang anak, sehingga Jeanne agak terdesak untuk melahirkan seorang putra dan ahli waris. Putra Jeanne, Philippe menjadi bangsal Raja. Ia melahirkan tiga orang anak dari suami keduanya, dua orang putri dan seorang bayi yang lahir mati, yang tidak diketahui jenis kelaminnya, semua anak-anaknya mati muda. Jeanne meninggal pada tahun 1360. Hartanya diwariskan kepada putranya.[1]
Keturunan
Melalui suami pertamanya, Philippe, Jeanne memiliki keturunan sebagai berikut:
Jeanne dari Bourgogne (1344–1360), bertunangan dengan Amedeo VI dari Savoie, tetapi ia meninggal sebelum pernikahan tersebut dapat dilangsungkan.
Marguerite dari Bourgogne (lahir 1345), dianggap mati muda
