Onze heures du soir à La Borde, éd. Galilée, Paris, 1980.
Pratique de l'institutionnel et politique, écrit avec Félix Guattari et François Tosquelles, éd. Matrice, Vigneux, 1985.
Le collectif: le séminaire de Sainte-Anne, Champ social éditions, Nîmes, 1999.
Création et schizophrénie, éd. Galilée, Paris, 1989.
L'aliénation, éd. Galilée, Paris, 1992.
Les séminaires de La Borde (1996-1997), Les éditions du Champ social, Nîmes, 1998.
Psychiatrie et psychothérapie institutionnelle, Les éditions du Champ social, Nîmes, 2001.
À quelle heure passe le train… Conversations sur la folie, avec Marie Depussé, éd. Calmann-Lévy, Paris, 2003.
Préfaces, éd. Le Pli, Orléans, 2004.
Essai sur la conation esthétique (thèse de médecine, 1950), éd. Le Pli, Orléans, 2005.
Rencontre avec le Japon: Jean Oury à Okinawa, Kyoto, Tokyo, coordination: Philippe Bernier, Stefan Hassen Chedri, Catherine de Luca-Bernier, coéd. Champ social éditions / Matrice, 2007.
Essai sur la création esthétique, éd. Hermann, Paris, 2008.
Itinéraires de formation, éd. Hermann, Paris, 2008.
La psychose, la mort, l'institution, éd. Hermann, Paris, 2008.
Dialogues à La Borde, éd. Hermann, Paris, 2008.
Préalables à toute clinique des psychoses: dialogue avec Patrick Faugeras, éd. Érès, Toulouse, 2012.
La Psychothérapie institutionnelle de Saint-Alban à La Borde, Paris, Éditions d'une, 2016.
Les Symptômes primaires de la schizophrénie, cours de psychopathologie (Jussieu, 1984-1986), Paris, Éditions d'une, 2016.