Jan Leonard de Fretes mengawali perjalanan akademis militernya di Akademi Kepolisian (Akpol) dan berhasil menyelesaikan pendidikannya pada tahun 1988. Setelah resmi menjadi perwira, ia melanjutkan pengembangan profesionalnya di Perguruan Tinggi Ilmu Kepolisian (PTIK) yang diselesaikannya pada tahun 1996.
Guna memperkuat kompetensi kepemimpinannya di level menengah dan tinggi, ia menempuh pendidikan di Sekolah Staf dan Pimpinan (Sespim) Polri serta mengikuti program pendidikan di Lembaga Ketahanan Nasional (Lemhannas) pada tahun 2017. Di samping pendidikan kedinasan, Jan juga memperdalam aspek akademis hukum dengan meraih gelar Sarjana Hukum (S.H.) dan Magister Hukum (M.H.).
