Tanggal 27 November2000, International Criminal Tribunal for Rwanda (ICTR) mengeluarkan tuduhan terhadap Nizeyimana, dihukum dengan alasan "genosida, atau arti alternatif genosida, keinginan langsung dan umum untuk melakukan genosida, dan kejahatan terhadap kemanusiaan." Tuduhan tersebut menyatakan bahwa selama pembantaian, Nizeyimana telah "mengasut, melakukan, memfaslitasi, atau berkeinginan untuk [...], Interahamwe melakukan pembunuhan, penculikan dan penghancuran properti."