Hutan hujan tropis di daratan Indonesia memiliki keanekaragaman hayati yang sangat tinggi.[3] Jenis hutan hujan tropis di Indonesia dengan tingkat keanekaragaman hayati yang tinggi ialah hutan hujan tropis dataran rendah dengan iklim yang stabil sepanjang tahun. Di dunia, tingkat keanekaragaman hayati hutan hujan tropis daratan rendah Indonesia menempati posisi ketiga setelah Brasil dan Republik Demokratik Kongo.[5]
Provinsi di Indonesia yang memiliki kawasan hutan hujan tropis dataran rendah terluas ialah Jambi yang terletak di Pulau Sumatra. Provinsi Jambi juga menjadi kawasan hutan hujan tropis dataran rendah terluas di Asia Tenggara. Kawasan yang mewakili hutan hujan tropis dataran rendah di Jambi ialah Taman Nasional Bukit Duabelas seluas 60.500 ha.
Flora
Artikel Utama : Flora Indonesia
Hutan hujan tropis di Indonesia memiliki jenis flora malesiana. Dalam flora Malesiana terdapat beberapa jenis tumbuhan khas seperti rotan, jati, cendana dan kayu hitam.[8] Hutan hujan tropis di bagian barat Indonesia ditandai oleh rimba belantara dengan tumbuhan yang beraneka ragam. Wilayah penyebarannya di Sumatra, Jawa dan Kalimantan. Pada kawasan ini, hutan hujan tropis memiliki tumbuhan berdaun lebar, pohon yang tumbuh tinggi dan besar, serta terdapat belukar-belukar tropis dan cendawan.
Sementara itu, hutan hujan tropis di bagian timur Indonesia memiliki flora Australia. Penyebarannya terutama di Papua. Tumbuhan-tumbuhan yang ada memiliki kesamaan dengan yang ada di Australia, karena daratan di Indonesia bagian timur pernah bersatu dengan daratan Australia.
Fauna
Artikel Utama : Fauna Indonesia
Wilayah penyebaran Fauna hutan hujan di Indonesia ditentukan oleh garis Wallace dan garis Weber. Fauna-fauna ini terbagi menjadi tiga yaitu kawasan Asiatis & kawasan Australis.
Fauna Asiatis adalah Fauna yang berasal wilayah Asia, yang terdapat di bagian barat Indonesia. Ciri khas fauna Asiatis adalah spesies-spesies yang tersebar di wilayah Asia Tenggara dan bagian barat Indonesia, seperti Sumatra, Jawa, dan Bali. Contoh Fauna Asiatis meliputi Harimau, Orangutan, Gajah, & Macan Tutul.
Fauna Australis adalah Fauna yang berasal dari wilayah Australia, yang terdapat & tersebar di bagian timur Indonesia, termasuk Papua dan sekitarnya. Fauna Australis umumnya ditemukan di wilayah yang lebih terisolasi secara geografi, dan banyak dari spesies ini memiliki kesamaan dengan fauna yang ada di Australia. Contoh fauna Australis di Indonesia antara lain Kasuari, Burung Kakatua, Kangguru, & Burung Cendrawasih.
Fauna peralihan ini adalah kelompok fauna yang berada di daerah transisi antara wilayah Asiatis dan Australis, atau daerah yang memengaruhi kedua zona tersebut. Daerah ini meliputi beberapa bagian Indonesia yang memiliki ciri-ciri kedua wilayah tersebut. Contoh adalah Anoa, Tarsius, & Maleo.