Larangan
Dengan gaya konfrontatifnya, Harian Rakyat selalu menentang pihak-pihak lain dan penguasa. Karena pesannya dianggap melanggar aturan yang diberlakukan oleh pemerintah saat itu, Harian Rakyat sempat dilarang. Larangan pertama terjadi selama 23 jam, antara tanggal 13 September 1957, pukul 21.00 dan 14 September 1957, pukul 20.00. Surat kabar lainnya, seperti Indonesia Raya, Bintang Timur, Pemuda Merdeka, Djiwa Baru, Pedoman, Keng Po, dan Java-bode, serta tiga kantor berita: Antara, PIA, dan INPS juga dilarang pada periode yang sama.
Larangan tersebut diulangi pada tanggal 16 Juli 1959, selama satu bulan karena surat kabar tersebut menerbitkan pernyataan CC PKI pada tanggal 3 Juli, yang berjudul “Penilaian sesudah satu tahun Kabinet Kerdja, Komposisi, tidak mendjamin pelaksanaan program 3 pasal, perlu segera diretul”. Pada tanggal 2 Agustus 1959, sebulan setelah pelarangan, Harian Rakyat kembali terbit. Pada tanggal 2 November 1959, surat kabar ini kembali dilarang oleh Penguasa Perang. Kali ini, alasannya tidak begitu jelas. Hal ini menyebabkan perluasan peredaran Harian Rakyat yang dipimpin oleh petinggi PKI D.N. Aidit, M.H. Lukman, dan para aktivis PKI lainnya, langsung turun ke jalan. Pada tanggal 9 Desember 1959, Harian Rakyat kembali dilarang karena memuat berita tentang “Tjeramah Njoto di gedung SBKA” yang dimuat pada 24 November 1959. Alasan pelarangan juga tidak begitu jelas, sehingga menimbulkan protes. Setelah mendapat tekanan, Harian Rakyat akhirnya diizinkan, dan terbit kembali pada tanggal 23 Desember 1959. Pada tanggal 3 Februari 1961, surat kabar ini kembali dilarang di wilayah Jakarta Raya alasan pelarangan tersebut adalah pidato sambutan dari ketua PKI D.N. Aidit pada ulang tahun ke-10 Harian Rakyat. Dalam pidatonya, Aidit mengangkat masalah demokrasi dan kebebasan politik. Menurut Penguasa Perang, hal ini dapat mengganggu stabilitas politik di Indonesia.
Penutupan
Setelah peristiwa Gerakan 30 September, semua harian yang terbit di Jakarta dilarang, kecuali Angkatan Bersendjata dan Berita Yudha yang dimiliki oleh militer. Pada tanggal 3 Oktober 1965, Harian Rakjat akhirnya berhenti terbit. Tidak hanya dibubarkan, semua anggota PKI dan aktivis yang mendukung koran ini diburu, ditangkap, dipenjara, bahkan dibunuh. Kata-kata terakhir dari editor kepada para pembacanya adalah “Banyak-banyak terimakasih, sekalian para pembaca!”