Ia adalah putra bungsu Baron Hartmann II dari Liechtenstein (1544–1585). Ibundanya adalah Anna Maria (née Comtesse Ortenburg). Saudara-saudaranya adalah Karl I dan Maximilian. Dia menerima pendidikan yang baik.
Gundakar menikah dua kali, pertama-tama ia menikah pada 1603 dengan Comtesse Agnes dari Frisia Timur (1 Januari1584 – 28 Februari1616), putri Enno III dari Frisia Timur. Mereka memiliki keturunan sebagai berikut:
Juliana (1605–1658), menikah pada 1636 dengan Comte Nikolaus Fugger dari Nordendorf (1596–1676)
Thomas Winkelbauer. Fürst und Fürstendiener. Gundaker von Liechtenstein. Ein Österreichischer Aristokrat des konfessionellen Zeitalters, Vienna and Munich, 1999, ISBN978-3-486-64837-9
Thomas Winkelbauer: Gundaker von Liechtenstein als Grundherr in Niederösterreich und Mähren. Normative Quellen zur Verwaltung und Bewirtschaftung eines Herrschaftskomplexes und zur Reglementierung des Lebens der Untertanen durch einen adeligen Grundherrn sowie zur Organisation des Hofstaats und der Kanzlei eines „Neufürsten“ in der ersten Hälfte des 17. Jahrhunderts, Vienna, 2008
Constantin von Wurzbach (ed.): Biographisches Lexikon des Kaiserthums Oesterreich, vol.15, Vienna, 1866, p.124
Jacob von Falke: Geschichte des fürstlichen Hauses Liechtenstein, vol. 2, Vienna, 1877, p.267-300
Franz Christoph Khevenhüller (Count of Frankenburg), Conterfet Kupfferstich: (soviel man deren zu handen bringen können) deren jenigen regierenden grossen Herren, so von Käysers Ferdinand dess Andern Geburt, biss zu desselben seeligisten tödtlichen Abschied successivè regiert, darvon Ertz Hertzog Carl, Vatter Käysers Ferdinand dess Andern, zum ersten gestellet worden, vol. 2, p.16, Online