Ia masuk Fort Hare University, meraih gelar Bachelor of Arts dalam bidang politik dan psikologi pada 1936 dan mengajar diploma. Mbeki bertemu dengan para pemimpin perjuangan Afrika lainnya disana. Ia sempat bekerja sebagai guru tetapi kehilangan pekerjaannya karena kegiatan politiknya.[2] Ia menjadi anggota bawah tanah dari partai komunis pada akhir 1930an.[3] Meskipun demikian, ia tidak bergabung dengan KNA sampai setelah komunis dicekal pada 1950. Awalnya menjadi jurnalis pada Inkundla Ya Bantu, ia meninggalkan jurnalisme pada 1943 dan menjadi anggota Dewan Jenderal Transkeian yang dinominasikan pemerintah sampai 1950. Pada waktu itu, ia tak menunjukkan penentangan terhadap pemerintah, meskipun ia tidak dinominasikan untuk jabatan tersebut oleh pemerintah. Pada 1948, 1948 Mbeki menjadi kandidat untuk Dewan Perwakilan Penduduk asli tetapi kalah dalam pemilihan.[3]
