Gomar Gultom lahir di Tarutung, Sumatera Utara pada 8 Januari 1959. Ayahnya bernama Teodosus Gultom, seorang pegawai Departemen Agama RI, sedangkan ibunya bernama Ramean Siregar. Masa kecilnya dilewatkan di berbagai daerah di Indonesia, karena ia mengikuti kepindahan orang tuanya bekerja. Ia sempat mengenyam pendidikan dasar di SD GKPI Air Bersih Medan, lalu melanjutkan sekolah menengah pertama di SMP Kristen III Salatiga, serta menempuh pendidikan sekolah menengah atas di SMA Kristen I PSKD Jakarta. Ia mengambil STT Jakarta sebagai tempatnya menempuh studi sarjana. Di kampus ini, ia belajar mengenai teologi dan mempersiapkan diri sebelum menjadi pendeta, dan ditahbiskan menjadi pendeta di HKBP pada tahun 1986.
Pada tahun 1988 ia menjadi Dosen STT HKBP, Pematangsiantar. Ia juga pernah menjabat sebagai Sekretaris Biro Pembinaan HKBP pada tahun 1991–1996. Pada tahun 1996, ia menjabat sebagai Direktor Lembaga Pengembangan SDM "Jetro" (1996–1999). Lalu, dari tahun 1999 sampai 2000, ia menjadi Direktur Program JK-LPK. Ia juga sempat menjabat sebagai Kepala Biro Pembinaan HKBP (2000–2005), dan selanjutnya sebagai Sekretaris Eksekutif Bidang Diakonia PGI (2005–2009). Pada 2009, ia terpilih sebagai Sekretaris Umum PGI untuk periode 2009–2014, serta terpilih kembali untuk periode 2014–2019. Dia dipilih menjadi ketua PGI untuk periode tahun 2019–2024.[2]
Dalam Sidang Raya PGI ke 17 di Toraja terpilih menjadi Ketua Majelis Pertimbangan PGI periode 2024-2029.[3]
