Filep Wamafma menjadi dosen di STIH Manokwari sejak 2004. Kariernya kemudian menanjak menjadi Wakil Ketua II pada 2007 dan Wakil Ketua I pada 2008. Dalam kurun waktu 2009-2014, ia menjadi Anggota Komisi Pemilihan UmumProvinsi Papua Barat juga merangkap sebagai Pelaksana Tugas Anggota KPU Kabupaten Raja Ampat dan Kabupaten Tambrauw. Pada 2014, ia kembali ke dunia akademis menjadi Pelaksana Tugas Ketua STIH Manokwari hingga 2015. Ia kemudian terpilih menjadi Ketua STIH Manokwari periode 2015-2019 dan kemudian terpilih kembali untuk periode 2019-2023.[2][3]