Setelah pemunahan para adipati Wittelsbach, Bayern-Straubing, para pangeran Holland dan Hainaut, Ernst dan saudaranya Wilhelm bertikai dengan Heinrich dan Ludwig namun akhirnya menerima setengah bagian Bayern-Straubing termasuk kota Straubing pada tahun 1429.
Sebagai sekutu Wangsa Luksemburg Ernst mendukung saudara iparnya yang digulingkan Václav melawan raja yang baru Ruprecht dari cabang yang lebih tua dari wangsanya di Wittelsbach juga saudara Václav Sigismund di dalam perang-perangnya melawan para pendukung Jan Hus. Hal ini menimbulkan kehancuran di bayern Utara sampai tahun 1434.
Ketika putranya Albrecht III diam-diam menikahi pelayan Agnes Bernauer pada tahun 1432, Ernst memerintahkan untuk membunuhnya. Ia dituduh sebagai seorang penyihir dan dilempar ke Sungai Danube dan tenggelam. Perang sipil dengan putranya akhirnya berakhir dengan sebuah perdamaian. Ia dimakamkan di Frauenkirche di München.
