Dari perekam suara kokpit, kapten meminta izin kepada kopilot (pengganti) untuk ke toilet. Lalu, kopilot Al-Batouti berkata "Tawkalt ala Allah" yang berarti "Aku berserah kepada Allah", ketika itu, autopilot telah terputus, lalu ia mengulangi lagi kata "Aku berserah kepada Allah", saat itu, elevator dalam posisi turun 3 derajat. Ia mengulangi kembali kata "Aku berserah kepada Allah" sampai 7 kali. Kapten, yang baru kembali dari toilet berkata "Apa yang terjadi?", lalu ia berjuang menaikkan pesawat, sementara Kopilot tetap mengontrol pesawat turun (menurut perekam data penerbangan), hingga CVR dan FDR berhenti merekam dan pesawat jatuh ke Samudera Atlantik.
Penyebab kecelakaan dan spekulasi
Menurut NTSB, pesawat tersebut jatuh diakibatkan tindakan kopilot pengganti Gamal Al-Batouti yang sengaja memanipulasi kontrol pesawat sehingga pesawat jatuh ke samudera Atlantik. Namun, menurut otoritas penerbangan Mesir, kecelakaan tersebut disebabkan oleh kemacetan sistem kemudi ekor (elevator) pada 767 tersebut. Hasil investigasi yang berbeda dari kedua negara ini lalu memunculkan perdebatan mengenai penyebab kecelakaan tersebut.
Beberapa sumber (terutama dari seorang pilot EgyptAir yang sengaja mendaratkan pesawatnya di Inggris untuk memohon suaka politik) menyatakan bahwa Al-Batouti memiliki masalah dengan perilakunya (sering menggoda wanita pelayan hotel di mana ia dan rekan-rekannya sesama pilot EgyptAir menginap). Hal ini mengakibatkan dia sering ditegur oleh atasannya. Ketika ia mengetahui atasannya (yang menegurnya) berada dalam penerbangan tersebut, ia pun berniat membunuhnya dengan cara menjatuhkan pesawat itu ke laut. Namun, kesaksian pilot tersebut dibantah otoritas Mesir.
Sebuah media Inggris, Sunday Times, mengutip sebuah sumber yang dirahasiakan, berspekulasi bahwa Al-Batouti mengalami trauma perang, karena banyak anggota skuadronnya di Angkatan Udara Mesir terbunuh dalam perang tahun 1973. Fakta lain yang ditemukan, di mana kehadiran 33 orang perwira angkatan bersenjata Mesir yang baru pulang latihan di AS, menimbulkan spekulasi bahwa ada konspirasi kelompok teroris Muslim ekstrimis melawan Mesir, Sementara, pihak lain menduga bahwa itu adalah rencana pembunuhan oleh MossadIsrael.
Hingga kini, penyebab kecelakaan ini masih diperdebatkan.
(Sumber: National Geographic Channel - Air Crash Investigation)