Ajax
Lahir di Voorhout, Van der Sar memulai kariernya di klub kampung halamannya, Foreholte, dan kemudian VV Noordwijk. Pada usia yang relatif terlambat, ia menarik perhatian Louis van Gaal, dan kemudian menandatangani kontrak dengan Ajax. Meskipun dia terlambat bergabung, dia masuk ke tim cadangan dan menunggu waktunya sebelum dipanggil ke tim utama oleh Louis van Gaal. Dia menikmati tugas yang panjang dan sukses di tim senior mereka, memenangkan Liga Eropa UEFA pada tahun 1992 (walaupun hanya sebagai pemain cadangan, tidak tampil sama sekali) dan Liga Champions UEFA 1994–95 ( sekarang menjadi penjaga gawang awal), serta penghargaan Best European Goalkeeper tahun 1995, selain penghargaan domestik. Dia mengawal gawang Ajax di Final Liga Champions UEFA 1996, tetapi harus puas dengan medali runner-up karena mereka kalah dalam adu penalti melawan Juventus. Dia membuat total 226 penampilan untuk Ajax, dan mencetak gol penalti untuk Ajax untuk menyelesaikan kemenangan 8-1 atas De Graafschap di musim 1997-98. Di musim penuh pertamanya sebagai Ajax No. 1, ia memenangkan Dutch Football Goalkeeper of the Year, ia kemudian mempertahankan penghargaan tersebut untuk tiga musim berikutnya tahun berturut-turut.
Juventus
Pada tahun 1999, status Van der Sar sebagai salah satu penjaga gawang top Eropa menarik perhatian Manchester United, yang mencari pengganti Peter Schmeichel; tetapi, Van der Sar pindah ke klub Italia Juventus dengan biaya yang diyakini sekitar £5 juta. Dia melakukan debutnya untuk Si Nyonya Tua dengan hasil imbang 1-1 dengan Reggina di Stadio delle Alpi. Ia menjadi orang non-Italia pertama yang menjaga gawang klub Turin tersebut.
Dia adalah penjaga gawang pilihan pertama selama dua musim pertamanya di Italia, membuat 66 penampilan Serie A saat Juventus menjadi runner-up liga dua kali di bawah Carlo Ancelotti, dengan rekor pertahanan terbaik di liga pada setiap kesempatan. Dia tampil baik di musim pertamanya, memenangkan Piala Intertoto UEFA pada tahun 1999, dan membantu klub bersaing memperebutkan gelar Serie A. Namun, pada hari terakhir musim 1999-2000, Juventus kalah dari Perugia, setelah Van der Sar dikalahkan oleh tendangan voli Alessandro Calori, hasilnya diperbolehkan Lazio untuk menyalip Juventus dan memenangkan gelar liga dengan satu poin. Namun, musim berikutnya kurang sukses karena Juventus tersingkir pada putaran pertama Coppa Italia dan Liga Champions, sementara Van der Sar melakukan beberapa kesalahan, termasuk kesalahan besar dalam pertandingan liga di kandang melawan juara Serie A Roma, pada tanggal 6 Mei 2001, ketika ia melepaskan tembakan Hidetoshi Nakata, sehingga Vincenzo Montella menyamakan kedudukan 2–2, Juventus akhirnya finis dua poin di belakang juara liga.
Van der Sar kehilangan tempatnya pada musim panas 2001, setelah Bianconeri membeli kiper internasional Italia, Gianluigi Buffon dari Parma seharga 100 miliar lira (sekitar £32,6 juta), sebuah rekor biaya dunia untuk seorang penjaga gawang. Tidak ingin tetap menjadi pilihan kedua di belakang Buffon, Van der Sar menegaskan keinginannya untuk pindah setelah dua tahun di Serie A.
Fulham
Pada tanggal 1 Agustus 2001, Van der Sar memilih untuk bermain di Inggris dan bergabung dengan Fulham yang baru dipromosikan dalam sebuah langkah mengejutkan senilai £7 juta, menandatangani kontrak empat tahun. Keesokan harinya, Van der Sar secara resmi diperkenalkan oleh Fulham, dan setibanya di sana, dia menggambarkan langkah tersebut sebagai "suasana persahabatan yang menyenangkan" dan dia merasa "dihargai". Dia melakukan debut liga pada tanggal 18 Agustus 2001 dengan kekalahan tandang 2-3 melawan Manchester United. Total, ia mencatatkan 127 penampilan liga selama berada di Fulham. Dalam pertandingan melawan Aston Villa di musim terakhirnya di klub, ia berhasil menyelamatkan dua penalti dari Juan Pablo Ángel dengan hasil imbang 1-1. Penampilannya untuk The Cottagers menarik perhatian Manchester United dan perhatian Sir Alex Ferguson