Pada 21 Juni2005, Killen dinyatakan bersalah atas tiga dakwaan pembunuhan, tepat empat puluh satu tahun setelah pembunuhan tersebut.. Dia dijatuhi hukuman penjara selama 60 tahun. Dia mengajukan banding atas putusan tersebut, tetapi hukuman tersebut dikuatkan pada 12 April 2007 oleh Mahkamah Agung Mississippi.[3] Killen akhirnya meninggal di penjara pada 11 Januari 2018, enam hari sebelum ulang tahunnya yang ke 93.[4]
Pembunuhan terhadap tiga aktivis yang dilakukan oleh Killen menginspirasi pembuatan film berjudul Mississippi Burning.