Niki adalah maskapai yang melayani destinasi sebagai berikut (Pada 31 Juli 2010) Diarsipkan 2009-08-19 di Wayback Machine.:

Afrika

• Mesir
  • Hurghada - Bandar Udara Internasional Hurghada
  • Marsa Alam - Bandar Udara Internasional Marsa Alam
  • Sharm el-Sheikh - Bandar Udara Internasional Sharm el-Sheikh

Eropa

• Austria
  • Graz - Bandar Udara Graz
  • Innsbruck - Bandar Udara Innsbruck
  • Linz - Bandar Udara Linz [musiman]
  • Salzburg - Bandar Udara Salzburg Kota Fokus
  • Wina - Bandar Udara Internasional Wina Hub

• Bulgaria
  • Sofia - Bandar Udara Sofia

• Denmark
  • Kopenhagen - Bandar Udara Kopenhagen

• Prancis
  • Nice - Bandar Udara Nice Côte d'Azur
  • Paris - Bandar Udara Internasional Charles de Gaulle

• Jerman
  • Frankfurt - Bandar Udara Frankfurt
  • Munich - Bandar Udara Munich
  • Nuremberg - Bandar Udara Nuremberg

• Yunani
  • Corfu - Bandar Udara Internasional Corfu [musiman]
  • Heraklion - Bandar Udara Internasional Heraklion [musiman]
  • Kos - Bandar Udara Internasional Pulau Kos [musiman]
  • Rhodes - Bandar Udara Internasional Rhodes [musiman]
  • Samos - Bandar Udara Internasional Samos [musiman]
  • Zakynthos - Bandar Udara Internasional Zakynthos [musiman]

• Eslandia
  • Reykjavik - Bandar Udara Keflavik [musiman]

• Irlandia
  • Shannon - Bandar Udara Shannon

• Italia
  • Cagliari - Bandar Udara Cagliari-Elmas [musiman]
  • Milan - Bandar Udara Malpensa
  • Olbia - Bandar Udara Olbia - Costa Smeralda [musiman]
  • Roma - Bandar Udara Leonardo da Vinci-Fiumicino

• Portugal
  • Funchal - Bandar Udara Madeira [musiman]
  • Lisbon - Bandar Udara Portela

• Rumania
  • Bucharest - Bandar Udara Internasional Henri Coandă
  • Constanta - Bandar Udara Constanta

• Rusia
  • Moskow - Bandar Udara Internasional Domodedovo

• Serbia
  • Beograd - Bandar Udara Nikola Tesla

• Spanyol
  • Barcelona - Bandar Udara Barcelona
  • Fuerteventura - Bandar Udara El Matorral
  • Ibiza - Bandar Udara Ibiza [musiman]
  • Jerez de la Frontera - Bandar Udara Jerez [musiman]
  • Lanzarote - Bandar Udara Lanzarote
  • Las Palmas - Bandar Udara Gran Canaria
  • Malaga - Bandar Udara Malaga [musiman]
  • Palma de Mallorca - Bandar Udara Son Sant Joan
  • Tenerife - Bandar Udara Tenerife Selatan
  • Valencia - Bandar Udara Valencia [mulai 3 Februari]

• Swedia
  • Stockholm - Bandar Udara Stockholm-Arlanda

• Swiss
  • Zürich - Bandar Udara Zürich

• Turki
  • Antalya- Bandar Udara Antalya

• Britania Raya
  • Edinburgh - Bandar Udara Edinburgh [musiman - mulai 2011]