Dalam kerusuhan Sambas tahun 1999, warga suku Melayu dan Dayak bersama-sama membantai warga Madura pada masa konflik Sambas. 3.000 orang Madura tewas. Pemerintah Indonesia dinilai tidak berusaha mencegah pembantaian ini.[1][2][3]
Perburuan dukun di Banyuwangi berubah menjadi kerusuhan dan kekerasan. Selain dukun, sejumlah ulama Islam juga menjadi target pembunuhan. Beberapa anggota Nahdlatul Ulama dibunuh oleh orang-orang yang terlibat kerusuhan.[4][5]
Banyak saksi yang membenarkan pemerkosaan terhadap etnis Tionghoa. Sumber lainnya mencatat lebih dari 1.500 orang tewas dan 468 orang (168 korban di Jakarta) diperkosa massal. Jumlah korban tewas diperkirakan mencapai 5.000 orang. Namun demikian, sebagian besar korban tewas adalah penjarah pribumi yang menyerang toko-toko Tionghoa karena mereka tewas dalam kebakaran besar.[6][7][8][9][10]
