Dalam mimpinya, Baku Yorozu adalah agen rahasia untuk organisasi CODE, dengan code number: 7, yang menggunakan keterampilan dan kecerdasannya untuk menyelamatkan idola pop ternama Nem dari para teroris yang menyandera dirinya. Di dunia nyata, Baku adalah seorang lulusan perguruan tinggi yang baru saja lulus dan sedang berjuang mencari pekerjaan, sementara perpaduan antara nasib buruk dan dorongan tak tertahankan untuk menjadi pahlawan selalu menggagalkan upayanya. Salah satu upaya untuk menemukan seorang gadis yang hilang membuatnya berakhir di rumah sakit setelah tertabrak mobil tanpa pengemudi. Saat terbaring tak sadarkan diri, Baku dikejar oleh Gun Nightmare, dan kembali ke mimpinya sebelumnya untuk menyelamatkan Nem, namun kali ini teroris digantikan oleh makhluk baru tersebut. Setelah Baku menyadari bahwa ia berada di dunia mimpinya, ia ditarik ke sebuah ruangan terpisah oleh sosok robot yang menyebut dirinya Code Number: 0, yang memberinya Zeztz Driver, sehingga Baku dapat melawan dan akhirnya menghancurkan Nightmare.

Saat Inspektur Muda Nasuka Nagumo dari Tokyo MPD ditugaskan ke "Divisi Urusan Paranormal" yang sering dicela dan terpinggirkan di bawah pimpinan polisi veteran Tetsuya Fujimi, Baku sedang memulihkan diri dari insiden terakhirnya, sementara Fujimi menduga mimpi-mimpi Baku mungkin menjadi kunci untuk mengungkap "Kasus Hitam" yang tak dapat dijelaskan yang terjadi di dunia nyata. Saat Baku mendapatkan kapsul baru untuk Zeztz, ia kembali ke dunia mimpi, berusaha menghentikan Bomb Nightmare. Namun, Baku segera menyadari bahwa kali ini tidak sesederhana mengalahkan Nightmare tersebut, karena Nightmare ini entah bagaimana terhubung dengan mimpi bawah sadar Fujimi.

Baku tak mampu mencegah Bomb Nightmare meledakkan sebagian Markas Kepolisian Omi, saat ia menyadari dengan ngeri bahwa tindakan Nightmare tersebut mengakibatkan markas kepolisian yang sama diserang di dunia nyata tanpa ada pelaku yang terlihat. Sementara itu, Tsukasa Tōdō, Direktur Biro Keamanan Publik, memberitahu Fujimi bahwa Divisi Urusan Paranormalnya akan ditutup, karena ia menganggapnya sebagai pemborosan waktu dan sumber daya. Fujimi yang hancur hati secara tak sadar berharap agar Markas Besar Kepolisian Metropolitan Tokyo hancur. Baku memasuki dunia mimpi Fujimi untuk menghentikannya, tetapi tidak mampu mencegah Bomb Nightmare menyerap tubuh Fujimi, lalu meledakkan lobi gedung tersebut. Baku kembali dengan kapsul baru untuk Zeztz, menggunakan kekuatannya yang baru untuk menjinakkan bom dan mengeliminasi Nightmare tanpa melukai Fujimi.

Kasus terbaru Baku melibatkan upaya melindungi seorang pengantin VIP, Miyuki Asamiya, dari apa yang tampaknya merupakan mantan pacar yang cemburu bernama Ippei Doi. Saat Crow Nightmare menyerang kapel, Zeztz menggunakan Wing Capsem yang baru untuk menghadapi Nightmare dalam pertempuran udara, namun tak lama kemudian ia menyadari bahwa Ippei mungkin bukanlah sang Dreamer dalam kasus ini. Sementara itu, Tōdō menugaskan Fujimi dan Nasuka untuk menyelidiki "Kasus Hitam" secara tidak resmi, saat mereka mengikuti jejak bulu gagak yang muncul secara misterius di sebuah kapel.

Baku terbangun dan mendapati bahwa Fujimi dan Nasuka telah menyusup ke kamarnya dan menemukan markas rahasia Zeztz Room yang tersembunyi di lemarinya, namun Code Number: 0 mengizinkan mereka untuk tinggal dan memberikan bantuan. Saat mereka mulai mengubah markas tersebut menjadi markas baru Divisi Urusan Paranormal, mereka membantu Baku menyimpulkan bahwa Miyuki adalah sang Dreamer, dan dari situ, target sebenarnya dari Crow Nightmare. Kemudian, pria misterius di balik Nightmare tampaknya mengetahui sesuatu tentang Nem.

Dalam kasus terbaru CODE, Baku menyamar di dalam penjara mimpi untuk menyelamatkan Nem dan keluarganya dari penahanan. Kasus ini mengambil alih arah secara tiba-tiba ketika Baku mengetahui bahwa Nem sebenarnya diadopsi, dan ayahnya adalah Masumi Bijogi, presiden agensi talenta yang memulainya perjalanan menuju ketenaran. Zeztz dengan mudah menghancurkan robot gergaji mesin menggunakan kekuatan Capsem barunya, dan berhadapan langsung dengan pria misterius yang menyebarkan Nightmare di seluruh dunia, hanya untuk menemukan bahwa Nightmare yang mengancam keluarga Nem bukanlah robot tersebut, melainkan penjara itu sendiri.

Saat berusaha mengungkap penyebab di balik Nightmare Bijogi, Baku menemukan rahasia mengejutkan tentang Nem, yaitu bahwa Nem terlibat dalam kecelakaan bus yang nyaris merenggut nyawanya, sementara Bijogi selamat. Bijogi meninggalkan Nem di sebuah rumah sakit swasta untuk beristirahat, namun kemudian Nem menghilang tanpa jejak, dan sejak saat itu Bijogi merasa bersalah atas kejadian tersebut. Nem yang berulang kali ditemui Baku di dunia mimpi tidak dapat menemukan di mana tubuh aslinya berada, atau apakah dia masih hidup. Baku bersumpah untuk menemukan Nem yang asli, lalu berubah menjadi Zeztz, menggunakan Projection Capsem barunya untuk menghindari pertahanan Nightmare dan menyerang "otak" penjara itu sendiri. Setelah itu, pria misterius itu berbicara kepada seorang wanita yang sedang tidur yang tampaknya adalah Nem, menyuruhnya untuk terus memberikan mimpi buruk kepada semua orang.

Baku menyusup ke restoran tradisional "Royal Shirogane" dalam sebuah mimpi untuk menjalankan misi menghancurkan senjata biologis. Tepat di depan mata Baku yang waspada, Chef Shiomi, yang telah mencicipi hidangan sang pemilik restoran, Sannoh, pingsan. Setelah bangun, Baku mengunjungi restoran Sannoh, di mana insiden keracunan makanan yang tidak dapat dijelaskan terjadi. Mungkinkah itu senjata biologis lagi? Apakah sifat sebenarnya dari mimpi buruk itu...!?

Mimpi buruk apa yang diinginkan Chef Sannoh? Baku menemukan petunjuk dalam kata-kata Shiomi dan yang lainnya di dunia nyata, menemukan Pintu Pikiran ketiga Sannoh dalam mimpi. Mengintip ke dalam...! Sementara Fujimi dan yang lainnya berusaha keras untuk menghentikan pertemuan puncak, Baku berubah menjadi Zeztz dan bertabrakan dengan Poison Nightmare. Namun kemudian, Nox muncul kembali...!

Baku, yang ditugaskan dengan misi "Mengembalikan rahasia negara", menyusup ke rumah kolektor seni Atsumi dalam mimpi. Sebuah pencurian terjadi yang melibatkan lukisan terkenal dari koleksi Atsumi, dan Baku mencurigai rahasia negara tersembunyi di dalam lukisan tersebut. Namun, saat Baku mengejar pelaku, Nox muncul dan memperingatkannya, "Mengetahui terlalu banyak bisa menghancurkanmu." Seolah-olah dalam sekejap, Baku terkena pukulan dari senjata Nox...!?

Karya masterpiece yang dicuri dalam mimpi telah rusak parah oleh Nightmare. Rahasia negara yang tersembunyi di dalam lukisan itu akan tetap tidak terungkap jika ini terus berlanjut... Baku merasa putus asa, tetapi Zero menegurnya dengan nada yang tidak biasa keras. Baku sekali lagi berubah menjadi Zeztz dalam mimpi. Saat dia meraih Wonder Capsem untuk melindungi Atsumi dari Mold Nightmare...!?

Dalam mimpinya, Baku menjadi karyawan di Pusat Antariksa. Misi barunya: melindungi Bumi dari meteor raksasa yang mendekat. Waktu hingga tabrakan: 48 jam. Setelah bangun, Baku memberitahu Fujimi dan Nagumo tentang kiamat yang akan menimpa umat manusia dan segera bertindak. Kembali ke dunia mimpi, Baku berusaha mencegah tabrakan asteroid bersama Nem. Namun, di sana, Nox menghalangi jalan mereka. Di hadapan mereka, Nox mengenakan ikat pinggang, memuat Capsem, dan...!

Setelah bertarung melawan Nox Knight dan merasakan ketidakberdayaannya sendiri secara mendalam, Baku, yang telah kehilangan kepercayaan dirinya sebagai agen, dinyatakan tidak layak oleh Zero. Meskipun begitu, percakapan santai dengan Seiya membuatnya kembali mempertimbangkan dirinya sendiri. Dalam mimpi, ia menemukan Pintu Pikiran Seiya. Dengan Capsem baru, ia menghadapi Nox!

Misi baru Baku adalah menghabisi musuhnya, Nox. Berjalan-jalan melalui lubang hitam dalam mimpinya, Baku mulai mengingat kembali mimpi buruk yang pertama kali dia lihat saat masih anak-anak. Baku muda menghadiri sekolah bimbingan belajar. Mengikuti gerakannya, instruktur sekolah bimbingan belajar Nox muncul! Terkejut dengan pertemuan masa lalunya dengan Nox, Baku menantangnya, putus asa untuk mengembalikan kenangan yang terhapus!

Apa jenis organisasi CODE? Ketika Baku menanyai Zero, dia mengetahui bahwa Nox pernah menjadi agen CODE. Nem melaporkan kepada Baku bahwa dia dapat melihat melalui mimpi buruk Nox. Menyadari segala hal, Baku kembali menghadapi Nox dan berubah menjadi Zeztz menggunakan Capsem baru...!

Misi baru Baku adalah menyelamatkan Nem, yang diculik oleh Nightmare. Zero menuduh Baku sebagai "pengkhianat organisasi" karena membiarkan Nox melarikan diri. Meskipun Baku telah kehilangan kepercayaan, dia berusaha keras untuk menyelesaikan misi. Sementara itu, mengabaikan nasib Baku, Nox menghadapi Zero, memasang Driver baru, dan memuat Capsem!

Meskipun kehilangan Zero, Baku tetap melanjutkan misinya untuk menyelamatkan Nem. Perawat Haru kemudian mengungkapkan kebenaran mengejutkan tentang hilangnya Nem kepada Baku. Setelah menemukan Pintu Pikiran si Pemimpi, Baku mulai mengejar Wolf Nightmare. Namun, Nox menghalangi jalannya dan berubah menjadi Kamen Rider Nox. Baku juga berubah menjadi Zeztz, dan kedua Rider akhirnya bertarung!

Dalam mimpinya, Baku, yang kini menjadi siswa SMA, harus melindungi teman sekelasnya—Nasuka dan Kureha dari Nightmare yang mengatur permainan maut. Saat para siswa terjatuh, Kureha mengambil senjata dan menantang Nightmare untuk bertarung. Melihat Baku ikut campur, Kureha bergumam, "...Seven." Mengapa Kureha tahu nama itu...!?

Baku bertemu dengan Kureha yang kini menjadi jurnalis, dan mengetahui rahasia organisasi CODE. Terkejut, Baku mempertanyakan perannya sebagai agen dalam pertempuran. Nem mengaku kepada Baku bahwa Nightmare mungkin berasal dari alam bawah sadarnya sendiri. Menenangkan Nem yang sedang berduka, Baku dengan tegas menghadapi Nightmare Permainan Kematian saat ia menyerang lagi!

Dalam mimpinya, Baku, yang kini menjadi Village Person A, memulai petualangan bergaya RPG bersama Sota, Tomoko, dan sang pahlawan Nem untuk mengalahkan monster. Ketika Baku bertemu dengan Nightmare, ia berubah menjadi Zeztz, namun merasa tidak nyaman dengan perilaku aneh Nightmare... Sementara itu, Nox berhadapan dengan Six, yang muncul untuk menghabisi pengkhianat. Dia berubah menjadi Rider dan menantangnya untuk bertarung, tetapi...!?

Apakah ribuan anak-anak sedang bermimpi yang sama? Baku, yang mulai menyelidiki, menemukan benang merah di antara anak-anak yang mengalami mimpi yang sama. Masuk kembali ke dunia mimpi, Baku menyaksikan akhir yang mengerikan dari mimpi buruk yang terjadi di balik Pintu Pikiran. Anak-anak dalam bahaya! Baku berubah menjadi Zeztz dan menantang Baby Nightmare untuk bertarung, tetapi...!?

Misi baru adalah mengalahkan Disaster Nightmare yang muncul di dunia nyata dan mengambil nyawa Odaka. Merasa tidak percaya pada CODE yang kejam, Baku mempertanyakan perannya sebagai agen. Sementara itu, Five dan Six berhadapan dengan Disaster Nightmare dan Nox. Menyaksikan pertempuran sengit mereka, Baku tiba-tiba merasakan ada yang tidak beres!?

Baku, setelah berhasil mengembalikan transformasi Zeztz Catastrom dan mengalahkan Nox, tertidur lelap dan memasuki alam bawah sadar. Di sana, ia mengetahui perasaan mendalam yang dibawa oleh Nem, dan Baku sendiri bertekad untuk mengambil tindakan yang tegas. Akhirnya terbangun dari tidurnya, Baku dengan dingin menyatakan kepada Minami dan yang lainnya sebelum memulai misinya. "Saya adalah Code Number: Seven. Saya akan melaksanakan misi saya..." Apa yang telah mengubah Baku menjadi pria yang kejam ini? Dan ke mana dia akan pergi?

Agen tanpa ampun, Code Number: Seven, Baku, mengabaikan upaya Minami dan yang lainnya untuk menghentikannya dan berangkat untuk melaksanakan misinya: "Temukan Nem." Baku bergegas menemui Nem, yang telah terbangun dari mimpinya. Di tengah situasi ini, The Lady memanipulasi sebuah Nightmare untuk menyerang markas CODE. Kemudian, Three muncul, berubah menjadi Lord Three...!!

Baku terbangun di tempat tidur rumah sakit dan menyadari bahwa semua pengalamannya hanyalah mimpi. Tapi jika itu mimpi, mengapa Zeztz Driver dan Capsems ada di sini...? Bingung, Baku tertidur dan bertemu kembali dengan Nem dalam mimpinya. Apakah semua pengalamannya hanyalah mimpi buruk, atau...!?

Dalam mimpinya, Baku menceritakan pengalaman mengerikan yang dialaminya kepada Fujimi, Nasuka, dan Minami. Nox juga diam-diam mendengarkan cerita Baku ketika Five dan Six, yang bertindak atas perintah CODE, tiba-tiba muncul! Keempatnya bertarung, tetapi kemudian terjadi gangguan baru!?

Di tengah serangan gencar dari seorang Rider misterius yang muncul entah dari mana, Baku terbangun dari mimpinya. Siapakah orang yang mampu mengubah masa depan ini? Baku pun menugaskan dirinya sendiri untuk "mengungkap identitas asli musuh tersebut." Sementara itu, di CODE, Zero dan Three semakin cemas dengan kemunculan "Sieg." Siapakah sebenarnya "Sieg"…!?

Karena terus diganggu oleh Sieg, Baku mendatangi Nox untuk mencoba mengungkap identitas asli Sieg. Sementara itu, di CODE, Three sedang mempertimbangkan untuk mengerahkan "Code: Somnia," senjata pamungkas CODE. Di tengah situasi ini, Baku kembali berhadapan dengan Sieg dan menyatakan, "Akulah yang akan menghancurkan mimpi buruk ini," sambil menantangnya untuk bertarung!

Baku bertemu Minami, yang kini telah menjadi agen, dalam mimpi. Baku membantu Minami dalam misinya mencari kucing yang hilang, tetapi mereka diserang oleh seorang Nightmare, dan Baku pun terbangun. Telah terjadi sebuah "Kasus Hitam" di mana Minami tumbuh ekor kucing. Ketika Baku tertidur lagi, ia menantang Nightmare untuk bertarung demi menyelamatkan Minami, tapi...!

Minami adalah seorang agen CODE... Setelah mengetahui kebenarannya, Baku merasa kecewa dan marah, karena menyadari bahwa Minami selama ini hanya "berpura-pura menjadi bagian dari keluarga." Dalam mimpinya, Minami kembali berubah menjadi Cat Nightmare. Baku berubah menjadi Zeztz Catastrom dan, meski mengetahui identitas aslinya, ia justru menyerang Cat Nightmare...!?

"Kamu akan dihabisi oleh CODE..." Setelah menerima vonis kejam dari Zero, Baku menyusup ke dalam mimpi Zero. Diserang oleh Zeztz hitam yang misterius, Baku terpaksa menghadapi kebenaran yang mengerikan! Sementara itu, Sieg, yang berencana memanfaatkan Nem, memancingnya masuk ke Penjara Nightmare. Diteror oleh Nightmare yang tak terhitung jumlahnya, Nem pun terjebak di sudut oleh Sieg...!?

Zero, ayah kandungnya, telah memanfaatkan putranya, Baku, demi kepentingan Zeztz. Tak sanggup menerima nasib kejam yang menimpanya, Baku merasa tersiksa karena tak mampu memahami niat sebenarnya dari Zero. Akankah Baku mampu mengatasi mimpi buruk ini…!?

Sieg mengubah mimpi buruk Nem menjadi mimpi yang menjadi kenyataan, sehingga Nightmare pun muncul di dunia nyata. Melihat orang-orang diserang oleh Nightmare, Baku mengenakan Zeztz Driver-nya yang rusak. Dia memasukkan Capsem dan mencoba bertransformasi menjadi Zeztz, tapi…!?

Setelah dibangkitkan kembali, Baku menyelami kedalaman jiwa Sieg yang terobsesi dengan mimpi buruk Nem dan menyaksikan masa lalu Sieg secara langsung. Setelah mengidentifikasi Nightmare yang bersemayam di dalam diri Sieg, Baku kembali berhadapan dengannya, dan pertempuran penentu antara Zeztz dan Dawn pun dimulai!

Ketika Baku terbangun dari mimpi yang menakutkan, dunia nyata telah berubah total. Bertekad untuk mengungkap kebenaran, Baku kembali ke dunia mimpi, hanya untuk mendapati bahwa Nem sedang menjadi sasaran Six. Saat Baku berupaya sekuat tenaga melindungi Nem, Three muncul dan memperlihatkan kekuatan yang mengerikan...!?

Setelah diselamatkan oleh Nox, Baku dipaksa untuk mengungkapkan lokasi markas CODE, yang ia lihat dalam mimpi ramalan. Tampaknya Nox bermaksud untuk menyerbu markas besar CODE... Setelah melalui pergulatan batin yang panjang, Baku pun memutuskan untuk menghancurkan perangkat pengaktif Code: Somnia. Nox bertarung melawan Three, sementara Baku berhadapan dengan Five!

Seiring berjalannya pengembangan Zeztz Driver, Baku diserang oleh Nox, yang telah dimanipulasi oleh Three. Baku membalas serangan itu sambil memegang Capsem, namun ia perlahan-lahan terdesak oleh serangan tanpa henti dari Nox, yang telah berubah menjadi seorang pejuang yang kejam. Sementara itu, di dunia nyata, Three menyadari ada yang tidak beres dan, dalam upaya untuk mencegah penyelesaian Driver, ia memaksa Zero terbangun dari mimpinya…!

"Aku akan menghancurkan CODE, sekalipun harus mengorbankan nyawaku sendiri..." Didorong oleh tekad yang tak tergoyahkan itu, Baku mengejar Nox yang telah menghilang, dan menyelami alam bawah sadar Nox. Di hadapan mata Baku, Nox—yang telah memperoleh kekuatan baru dari Capsem—berubah menjadi Kamen Rider Nox. Sambil berteriak, "Lenyaplah ke dalam kegelapan!", ia bertarung melawan Lord Three yang menghalangi jalannya!

Telah terjadi "Kasus Hitam", yang kemungkinan disebabkan oleh hilangnya Capsem milik Code: Somnia. Atas perintah Zero, Baku bergegas untuk menemukan Capsem tersebut. Sieg, yang Nightmare-nya telah terbangun di dalam dirinya, telah kembali. Mungkinkah Sieg adalah orang yang mencuri Capsem!? Baku berubah menjadi Zeztz dan bertabrakan dengannya dalam benturan dahsyat!

Telah terjadi serangkaian "kasus misterius" di mana orang-orang yang telah melakukan kejahatan di dunia nyata tiba-tiba menghilang. Hal ini tampaknya merupakan ulah Punish Gore Nightmare, yang menjatuhkan hukuman ilahi kepada para pendosa. Meskipun mereka adalah orang-orang berdosa, ini sudah keterlaluan! Nox bergabung dengan Baku dalam upayanya menghentikan amukan Nightmare. Menghadapi musuh terkuat mereka, keduanya berubah menjadi Zeztz dan Rider Nox!

Nightmare telah melancarkan serangan terhadap CODE. Setelah Zero memberi tahu Baku tentang kehancuran dunia yang akan segera terjadi, Baku bergegas menuju fasilitas CODE. Di sana, Baku berhadapan dengan Odaka, yang bertekad untuk menghancurkan CODE. "Zero sangat penting!" Baku berubah menjadi Zeztz dan bertarung melawan Nox Midnight Shadow!

Hancur hati karena kehilangan Zero, Baku diliputi rasa kehilangan. “Apa yang harus kita lakukan sekarang setelah dia pergi…?” Bagaimana reaksi Odaka terhadap pertanyaan Baku!? Meskipun Baku tak bisa menghilangkan keraguannya, di tengah kenyataan yang semakin terjerumus ke dalam kekacauan, ia terbangun dengan misi baru. Berubah menjadi Zeztz dalam mimpinya, ia pun menghadapi Catastrophe Gore Nightmare!

Sebuah kasus Black Case baru yang melibatkan Punish Gore Nightmare telah muncul. Baku berusaha menghentikan Punish agar tidak mengamuk, namun ia justru terjebak dalam pertarungan yang sengit. Tak sanggup lagi melihat Zeztz berjuang, Nem bernegosiasi dengan Sieg untuk menangani Punish. Ia kemudian menghadapi Punish sendiri, tetapi tepat pada saat itu, Sieg muncul...!