Jalannya pemerintahan dikendalikan oleh Perdana Menteri yang merupakan kepala pemerintahan. Ia tidak memimpin sebuah kementerian secara khusus, tetapi sesuai dengan konstitusi, ia mengawasi seluruh jalannya pemerintahan.
Sejarah
Estonia dipimpin oleh Perdana Menteri dalam dua tahun pertama (1918-1920) setelah merdeka dari kerajaan Rusia.