Panathinaikos B

Pada tahun 2015, Margono berlatih dengan akademi muda tim Serie A Italia Inter Milan.^[3] Pada tahun 2021, dia menandatangani kontrak dengan Panathinaikos B di Yunani.^[4] Pada 16 April 2022, dia memulai debutnya untuk Panathinaikos B saat kalah 3-0 dari Levadiakos.^[5]

Dukagjini

Cyrus Margono secara resmi diperkenalkan sebagai pemain Dukagjini di Kosovo pada 5 Februari 2025. Ia pun langsung melakukan debutnya di Liga Super Kosovo ketika menghadapi FC Ballkani yang berakhir 1-0 untuk keunggulan FC Ballkani pada tanggal 7 Februari 2025. Cyrus meraih kemenangan perdananya bersama Dukagjini di Liga Super Kosovo saat menghadapi FC Suhareka pada 15 Februari yang berakhir dengan skor 2-1.

Pada 30 November 2025, Margono meninggalkan Dukagjini dan menjadi agen bebas.^[6]

Persija Jakarta

Pada 6 Februari 2026, Margono resmi bergabung dengan Persija Jakarta dengan kontrak berdurasi dua setengah tahun.^[7]