Di musim 1990, Bella Vista menjuarai Liga Nasional Uruguay dan berhak lolos ke Piala Libertadores pada tahun berikutnya. Mereka bergabung di Grup 3 di zona Uruguay dan Brasil, bersama Nacional dari Uruguay dan Flamengo serta Corinthians dari Brasil. Mereka kembali tersingkir. Di musim 1993, Bella Vista kembali bermain di Copa Libertadores dan kembali diundi di zona Uruguay dan Ekuador, bersama Nacional dari Uruguay dan El Nacional serta Barcelona dari Ekuador. Mereka kembali berkompetisi di Copa Libertadores di musim 1999, berada di Grup 1, diundi bersama Nacional dari Uruguay, Estudiantes de Mérida, dari Venezuela, dan Monterrey, dari Meksiko. Tim berhasil lolos ke babak kedua setelah mengakhiri babak grup di posisi ketiga, mereka menang dari Universidad Católica dan berhak melaju ke babak ketiga, tetapi tersingkir dari Deportivo Cali, musim ini menjadi musim terbaik Bella Vista di kompetisi Copa Libertadores.
Pada musim 2000, Bella Vista kembali berkompetisi di Copa Libertadores, masuk ke Grup 8 bersama Bolívar dari Bolivia, Atlético Mineiro dari Brasil, dan Cobreloa dari Chile. Mereka tersingkir di babak yang sama.
