Pembangunan berlangsung selama masa pemerintahanSultan Iskandar Muda.[2] Lokasi Benteng Iskandar Muda sekitar 33 kilometer ke arah timur laut dari Kota Banda Aceh. Posisi benteng berada di tepi barat Sungai Kreung Aceh. Di bagian utara benteng terdapat pantai dengan jarak sekitar 400 meter. Bahan bangunannya yang dipakai untuk membangun benteng adalah batu, pasir, dan kapur. Bentuk benteng Iskandar Muda adalah persegi. Dinding benteng terbagi menjadi 3 lapis. Panjang dinding terluar adalah 50 meter dengan lebar 50 meter. Dinding terluar lebih tinggi dibandingkan dua dinding di bagian dalam. Dinding terluas tebalnya 0,9 meter dengan tinggi sekitar 23 meter. Dinding terluar dibuat dari batu hitam. Bahan perekatnya merupakan campuran tanah liat dan kapur. Dinding terluar dilapisi plester berbahan pasir, tanah liat dan kapur. Dinding yang berada di lapisan tengah berukuran 42 meter × 42 meter dengan ketinggian 1,7 meter dan ketebalan 0,75 meter. Dinding terdalam berukuran 21 meter × 21 meter dengan ketinggian 0,9 meter dan tebal 0,75 meter.[1]
