Tugas dari organisasi ini meliputi pencarian, analisis, interpretasi, perawatan, pengawetan, publikasi, dan dokumentasi hasil penelitian terhadap benda-benda arkeologi di Daerah Istimewa Yogyakarta, Jawa Tengah, dan Jawa Timur..[1]
Yang paling dikenal dari wilayah kerja dari organisasi ini kemungkinan adalah candi dan naskah dari era sejarah Indonesia masa Klasik Hindu-Buddha, peninggalan dari abad ke-7 sampai abad ke-15. Dari masa Klasik perkembangan Islam di Jawa juga banyak ditemukan peninggalan bangunan dan naskah, sejak masa Kesultanan Demak sampai Kesultanan Mataram dan pecahannya. Era kolonialisme VOC, Inggris, dan Belanda juga meninggalkan banyak bangunan, naskah, dan tradisi lainnya. Selain benda, organisasi ini juga menangani aspek non-benda, seperti arsitektur, sistem kepercayaan, tradisi, teknologi, tulisan, dan ikonografi. Aspek kajian yang relatif baru adalah arkeologi bawah air, mengingat Laut Jawa pernah menjadi medan pertempuran dan perniagaan, sehingga banyak pula ditemukan benda-benda arkeologi yang terpendam di dasar laut.