Badan Pengelola Dana mempunyai tugas melaksanakan perencanaan dan penganggaran, penghimpunan, pengelolaan, penggunaan Dana, dan penyaluran penatausahaan, pertanggungjawaban, serta pengawasan. Dalam melaksanakan tugas, Badan menyelenggarakan fungsi:[2]
perencanaan dan penganggaran;
pelaksanaan penghimpunan Dana;
pelaksanaan pengembangan Dana;
pelaksanaan penyaluran Dana sektor hulu dan hilir;
penyusunan peraturan dan perjanjian, serta pelaksanaan advokasi hukum;
pelaksanaan kerja sama kelembagaan dan kemasyarakatan;
pelaksanaan pengawasan intern atas pelaksanaan tugas Badan Pengelola Dana;
pengelolaan keuangan, umum, sumber daya manusia, kepatuhan internal, manajemen kinerja dan risiko, komunikasi, serta sistem informasi dan basis data; dan
pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Komite Pengarah.