Pernikahan pertamanya adalah dengan sebastokratōr Isaac Komnenos, cucu keponakan kaisar Manouel I Komnenos. Mereka memiliki seorang putri, Theodora Angelina. Segera setelah ayahanda Anna menjadi kaisar, pada tahun 1195, Isaac Komnenos dikirim untuk memerangi Pemberontakan Vlach-Bulgaria. Dia ditangkap, menjadi pion antara faksi Bulgaria dan Vlach, dan meninggal dalam rantai.
Pernikahannya yang kedua untuk Theodoros Laskaris, akhirnya kaisar Nicea, dirayakan dalam pernikahan ganda pada awal tahun 1200 (pasangan lainnya adalah Anna, saudari Eirene dan Alexios Palaiologos).
Keturunan
Anna dan Theodoros memiliki tiga orang putri dan dua orang putra:
Eudokia Laskarina (berganti nama menjadi Sophia, yang lahir antara tahun 1210 dan 1212, meninggal antara tahun 1247 dan 1253), bertunangan dengan Robert de Courtenay, menikah pertama dan bercerai Friedrich II, Adipati Austria, kedua (seb. 1230) Anseau de Cayeux, Gubernur Asia Kecil
Sumber
K. Varzos, I genealogia ton Komninon (Thessalonica, 1984).
O city of Byzantium: annals of Niketas Choniates tr. Harry J. Magoulias (Detroit: Wayne State University Press, 1984), pages 259, 274, and 280.