Pada tanggal 27 Maret 1944, dengan meningkatnya ancaman pendaratan pasukan Sekutu untuk merebut kembali Hindia Belanda, struktur organisasi Tentara Ekspedisi Selatan berubah dan Tentara ke-16 IJA dipindahkan ke Angkatan Darat Wilayah Ke-7 Jepang. Markas besarnya tetap di Jakarta sebagai pasukan garnisun seperti sebelumnya. Tentara ke-16 Jepang didemobilisasi pada saat Jepang menyerah pada tanggal 15 Agustus 1945.