Pendidikan awalnnya ia mulai di Sekolah Guillermo Osmena.[1] Namun ia belajar tidak sampai selesai, orang tuanya meninggal ketika ia berusia 14 tahun.[1][2] Hal ini memaksanya untuk berhenti studi dan menjaga adik-adik dan saudaranya.[1] Ia kemudian bekerja dengan menjual kipas kertas dan tongkat kayu di jalan-jalan.[1]
Bonifacio tertarik pada rasionalisme klasik dan membaca beberapa karya besar Victor Hugo, José Rizal, dan Eugene Sue.[1] Ia memiliki minat yang mendalam kepada buku-buku bacaan tentang Revolusi Prancis dan memperoleh pemahaman yang baik tentang proses sosio-historisnya.[1] Hal ini yang kemudian mendorongnya untuk bergabung dengan Liga Filipina.[1] Liga Filipina diselenggarakan pada tahun 1892 oleh Jose Rizal dengan tujuan untuk menyatukan gerakan nasionalis untuk mencapai reformasi.[1]