Tahun berikutnya, ia menjadi misionaris yang melayani suku Asmat di wilayah Agats di barat daya Papua, Indonesia di pulau Nugini, tempat ia belajar sendiri bahasa Asmat, dan berupaya menghapus praktik pengayauan serta melestarikan budaya dan seni Asmat. Ia mendirikan gereja di kota Sawa Erma di Sungai Unir.[1] Pada tanggal 29 Mei 1969, ia diangkat menjadi uskup di Keuskupan Agats, Indonesia dan ditahbiskan pada tanggal 29 November 1969. Ia menentang eksploitasi dan penindasan budaya Asmat oleh perusahaan penebangan kayu asing dan militer.[3]
Sowada menulis buku tentang seni dan budaya Asmat dan mengumpulkan ratusan artefak. Ketertarikan yang sama terhadap budaya Asmat berujung pada persahabatan dengan kolektor dan arsiparis seni Asmat lainnya, termasuk Michael Rockefeller dan seniman Tobias Schneebaum, yang menggambarkan Sowada sebagai orang yang memiliki "wajah bulat dan ceria" dan berkata bahwa "saya langsung menyukainya."[4] Sowada berperan penting dalam pendirian Museum Kebudayaan dan Kemajuan Asmat[2] di Agats pada tahun 1973, yang dijelaskan oleh seniman Tobias Schneebaum sebagai "sebuah museum yang dirancang untuk penduduk lokal, bukan untuk turis yang tidak ada."[5] Setelah Sowada pensiun dan kembali ke Amerika Serikat, koleksi artefak Asmat miliknya menjadi inti dari Museum Seni Asmat Amerika Serikat, yang berlokasi sejak tahun 2012 di Universitas St. Thomas di St. Paul, Minnesota.[6] He also co-edited a 2002 book about the Asmat Museum of Culture and Progress's collections, Asmat: Perception of Life in Art.[7][8]
Pensiun
Pada tahun 2000, Kursi Uskup Sowada dalam Antropologi Budaya didirikan untuk menghormatinya di Sekolah Teologi Fajar Timur di Abepura, Indonesia, untuk melanjutkan studi dan pelestarian budaya asli Papua.[9] Masalah kesehatan, termasuk operasi bypass jantung empat kali pada tahun 1999, menyebabkan ia pensiun.[1] Ia mengundurkan diri pada tanggal 9 Mei 2001.[10] Ia digantikan sebagai Uskup Agats pada tahun 2002 oleh Aloysius Murwito.
