Noghaideli memulai karier politiknya bersama-sama dengan temannya, Zurab Zhvania, dalam Partai Hijau Georgia pada awal 1990-an. Noghaideli menjadi anggota Parlemen Georgia pada 1992. Ia terpilih setelah digulingkannya Presiden Zviad Gamsakhurdia. Ia mengetuai Komisi Parlemen untuk Perlindungan Lingkungan Hidup dan Sumber-sumber Alam pada 1992-1995. Ia kembali menjadi anggota parlemen pada 1995-1999 dan 1999-2000, dan menjadi ketua Komisi Parlemen untuk Pajak dan Pendapatan.
Menteri Keuangan
Ia bergabung dengan pemerintahan Eduard Shevardnadze sebagai Menteri Keuangan pada Mei 2000. Pada tahun-tahun ini ia dianggap sebagai anggota dari tim politik dari para pembaharu muda yang dipimpin oleh Zurab Zhvania dan Mikheil Saakashvili dan terbukti sebagai menteri yang efektif.
Pada 2001, ia meninggalkan partai Uni Warga Negara Georgia yang dipimpin oleh Presiden, yang menjadi partainya sejak 1995. Ia dipecat pada 2002, tanpa penjelasan apapun, meskipun tampaknya ia bermaksud mengundurkan diri sebagai protes terhadap kebijakan-kebijakan pemerintahan Shevardnadze yang semakin korup (seperti yang dilakukan oleh Menteri Kehakiman Mikheil Saakashvili setahun sebelumnya).
Selama 2002-2003, ia terlibat dalam perbankan dan usaha investasi.
Setelah Shevardnadze digulingkan dalam Revolusi Mawar pada 21 November-23 November, 2003, Noghaideli kembali ke pemerintahan sebagai penasihat ekonomi terhadap penjabat presiden, Nino Burjanadze. Ia diangkat kembali ke jabatannya yang lama sebagai Menteri Keuangan pada Februari 2004 dalam pemerintahan Perdana Menteri Zurab Zhvania.
Perdana Menteri
Presiden Mikhail Saakashvili mencalonkan Noghaideli untuk jabatan Perdana Menteri pada 11 Februari2005 setelah kematian Zhvania yang tidak disangka-sangka. Ia dikukuhkan oleh Parlemen Georgia pada 17 Februari 2005 dengan suara 175 lawan 24, dan segera dilantik. Noghaideli bukanlah anggota partai manapun dan dianggap sebagai seorang teknokrat dengan pendekatan yang keras terhadap korupsi yang melanda ekonomi Georgia.
