Pembentukan

Departemen Mindanao dan Sulu resmi menggantikan Provinsi Moro pada 1914, yang membagi wilayah menjadi Zamboanga, Sulu, Cotabato, Davao, Agusan, dan Surigao. Kota Zamboanga ditetapkan menjadi ibu kota provinsi tersebut. Namun, pada 1920, Departemen Mindanao dan Sulu dibubarkan dan Zamboanga menjadi provinsi tersendiri.

Pada saat itu, provinsi Zamboanga terbagi menjadi lima munisipalitas:

• Dipolog
• Dapitan
• Lubungan
• Isabela
• Zamboanga

Zamboanga juga terbagi menjadi 12 distrik:

• Bangaan
• Dinas
• Kabasalan
• Kumalarang
• Lamitan
• Maluso
• Margosatubig
• Panganuran
• Sibuko
• Sindangan
• Sirawai
• Taluksangay

Perang Dunia II

Ketika Jepang mulai menjajah Filipina, pelaksana tugas Gubernur Zamboanga Felipe Azcuna memindahkan ibu kota provinsi dari Kota Zamboanga ke Dipolog. Setelah kekalahan pasukan Amerika-Filipina di Corregidor, seluruh provinsi dibawah kendali Jepang.

Setelah perang berakhir, ibu kota provinsi Zamboanga kembali dipindahkan ke Molave pada 16 Juni 1948 melalui Republic Act No. 286.

Pembubaran

Provinsi Zamboanga resmi dibubarkan pada 6 Juni 1952 melalui Republic Act No. 711, yang memecah provinsi ini menjadi Zamboanga Utara dan Zamboanga Selatan, sementara kota Zamboanga dan Basilan menjadi bagian dari Zamboanga Selatan.