Ia memulai karier di Bank Indonesia sebagai staf pemeriksa keuangan (1982-1985) hingga memimpin Direktorat Hukum BI (2002). Pada tahun 2002 ia diangkat sebagai kepala Pusat Pelaporan dan Analisis Transaksi Keuangan (PPATK). Salah satu prestasi Yunus saat menjabat PPATK ialah berhasil mengungkap pencucian uang kasus penggelapan pajak yang dilakukan oleh Gayus Tambunan. Setelah dua kali menjabat sebagai kepala PPATK, kini ia kembali bekerja di Bank Indonesia sebagai staf ahli Direktorat Sumber Daya Manusia.[1] Selain itu, Yunus juga mengajar di Fakultas Hukum Universitas Indonesia serta menjadi dosen tidak tetap di beberapa universitas swasta.
Karya
Rahasia Bank: Privasi Versus Kepentingan Umum, 2003
Bunga Rampai Anti Pencucian Uang, 2007
Negeri Sang Pencuci Uang, 2008
Rahasia Bank dan Penegakan Hukum, 2010
Tipologi dan Perkembangan Tindak Pidana Pencucian Uang, 2017