Setelah menamatkan perguruan tinggi, ia bergabung dengan Maruzen Petroleum (kini merupakan bagian dari perusahaan minyak Cosmo Oil Company).
Ia baru mulai terlibat politik sejak bulan Desember 1977 sebagai sekretaris politik ayahnya yang kala itu menjabat sebagai perdana menteri. Ia terpilih sebagai anggota Majelis Rendah Jepang pada tahun 1990. Pada Oktober 2000 ia menjadi Sekretaris Kabinet dalam kabinet Yoshiro Mori dan menjabat hingga ia mengundurkan diri pada Mei 2004, saat pemerintah Jepang dipimpin Junichiro Koizumi. Dalam pemilihan ketua LDP pada tahun 2006, Fukuda sempat disebut-sebut sebagai salah seorang yang akan mencalonkan diri, tetapi pada 21 Juli ia memutuskan untuk tidak mengikuti pemilihan tersebut.
Setelah Shinzo Abe mengumumkan pengunduran dirinya sebagai ketua LDP pada September 2007, Fukuda mencalonkan dirinya dalam pemilihan ketua baru. Ia terpilih pada 23 September 2007 mengalahkan pesaingnya, Taro Aso, sehingga menjadi Perdana Menteri Jepang ke-91. Fukuda mengumumkan pengunduran dirinya pada 1 September2008, pukul 21:30 waktu Jepang.