Pengunduran dirinya dari jabatan prefek atas alasan usia diterima pada Senin, 2 Juli 2012 (mencapai usia 75 tahun pada 2011, usia kanonikal dimana seluruh uskup Katolik harus mengajukan tawaran pengunduran diri kepada Sri Paus). Ia digantikan pada hari yang sama oleh Uskup Gerhard Ludwig Müller dari Keuskupan Regensburg di Regensburg, Jerman, yang merupakan seorang uskup agung.
Ia dikritik karena menutup-nutupi pelecehan seksual oleh para imam dalam yurisdiksinya saat di Portland dan di San Francisco.
Paus Benediktus XVI mengangkatnya menjadi Kardinal-Deakon Santa Maria Dominca sementara Paus Fransiskus mengangkatnya menjadi Kardinal-Imam ("pro hac vice") pada 20 Juni 2016.