Untuk pertama kalinya, jabatan Wakil Menteri Sekretaris Negara dibentuk dalam pemerintahan Indonesia pada Kabinet Presidensial dengan nama Wakil Sekretaris Negara Pejabat pertama dipegang oleh Ratmoko (Wakil Sekretaris Negara I) dan Iskandar Gondowardoyo (Wakil Sekretaris Negara II).[2] Wakil Sekretaris I, bertugas menangani masalah-masalah yang berkaitan dengan bidang keprotokolan, menyiapkan rapat-rapat, dan sidang-sidang Kabinet. Sementara Wakil Sekretaris II, bertugas dalam bidang administrasi pemerintahan, antara lain menyiapkan rancangan perundang-undangan serta menyelenggarakan urusan-urusan pemerintahan.
Kemudian diadakan lagi pada Maret 1966 dan hanya bertahan 4 bulan[3] Kemudian diadakan kembali pada tahun 2024 di Kabinet Merah Putih.
Sejak tanggal September 1945 hingga saat ini, terdapat lima orang yang telah menjabat sebagai Wakil Menteri Sekretaris Negara Indonesia. Petahana jabatan tersebut adalah Bambang Eko Suhariyanto dan Juri Ardiantoro.
Gaji dan Tunjangan
Gaji Wakil Menteri diatur dalam Peraturan Menteri Keuangan Nomor 176/PMK.02/2015 tentang Hak Keuangan dan Fasilitas Lainnya bagi Wakil Menteri. Menurut Pasal 2 ayat (1) huruf a Peraturan Menteri Keuangan Nomor 176/PMK.02/2015, tunjangan jabatan bagi wakil menteri adalah 85 persen dari tunjangan Menteri. Oleh karenanya, tunjangan dari wakil menteri sebesar Rp11.566.800 per bulan.[7]
Merujuk Pasal 3 PMK, wakil menteri akan menerima fasilitas dari negara berupa kendaraan dinas, rumah jabatan, dan jaminan kesehatan seperti menteri negara. Jika kementerian yang bersangkutan belum mampu menyediakan rumah dinas, wakil menteri berhak mendapatkan kompensasi berupa tunjangan perumahan sebesar Rp35.000.000 per bulan.[8]