Universitas tersebut merupakan lembaga perguruan tinggi penting bagi orang kulit hitam Afrika dari 1916 sampai 1959. Universitas tersebut menawarkan pendidikan akademik gaya Barat kepada para pelajar dari seluruh Afrika sub-Sahara, menjadikannya elit orang kulit hitam Afrika. Alumni Fort Hare merupakan bagian dari beberapa gerakaan kemerdekaan lanjutan dan pemerintahan negara-negara Afrika yang baru merdeka.
Pada 1959, universitas tersebut dinaungi oleh sistem apartheid, tetapi sekarang menjadi bagian dari sistem perguruan tinggi negeri pasca-apartheid di Afrika Selatan.
