Fakultas

Fakultas asli di San Marcos adalah Teologi, Seni (istilah Skolastik lama untuk apa yang sekarang dikenal sebagai Filsafat akademik), Hukum; Yurisprudensi, dan Kedokteran yang ditambahkan pada masa kolonial. Fakultas Ilmu Pengetahuan Alam dan Fakultas Ekonomi dan Perdagangan didirikan pada pertengahan abad ke-19. Fakultas Sains dibagi lagi berdasarkan spesialisasi pada abad ke-20.

Fakultas Teologi memperoleh otonomi dan ditutup pada tahun 1935. Namun, saat ini berfungsi sebagai lembaga Katolik yang berafiliasi dengan sistem universitas Peru seperti "Fakultas Kepausan dan Teologi Sipil Lima" atau Universitas Katolik San José.

Pada pertengahan 1990-an, departemen San Marcos dikelompokkan menjadi empat blok akademik. Saat ini, fakultas San Marcos dikelompokkan menjadi 6 bidang akademik.

Area Akademik	Fakultas	Jurusan
A: ILMU KESEHATAN	01. Fakultas Kedokteran	01.1. Kedokteran Manusia
		01.2. Kebidanan
		01.3. Keperawatan
		01.4.1. Teknologi Kedokteran: Laboratorium Klinis dan Anatomi Patologis 01.4.2. Teknologi Medis: Terapi Fisik dan Rehabilitasi 01.4.3. Teknologi Kedokteran: Radiologi 01.4.4. Teknologi Medis: Terapi Okupasi
		01.5. Nutrisi
	04. Fakultas Farmasi dan Biokimia	04.1. Farmasi dan Biokimia
		04.2. Ilmu makanan
		04.3. Toksikologi
	05. Fakultas Kedokteran Gigi	05.1. Ilmu Gigi
	08. Fakultas Kedokteran Hewan	08.1. Kedokteran Hewan
	18. Fakultas Psikologi	18.1. Psikologi
		18.2. Psikologi Organisasi dan Manajemen Manusia
B: ILMU DASAR	07. Fakultas Ilmu Kimia	07.1. Kimia
	10. Fakultas Ilmu Biologi	10.1. Ilmu biologi
		10.2. Genetika dan Bioteknologi
		10.3. Mikrobiologi dan Parasitologi
	13. Fakultas Ilmu Fisika	13.1. Fisika
	14. Fakultas Ilmu Matematika	14.1. Matematika
		14.2. Statistik
		14.3. Investigasi operatif
		14.4. Komputasi Ilmiah
C: TEKNIK	07. Fakultas Teknik Kimia	07.2. Teknik Kimia
		07.3. Rekayasa Agroindustri
	13. Fakultas Ilmu Fisika	13.2. Teknik Mesin Fluida
	16. Fakultas Teknik Geologi, Pertambangan, Metalurgi dan Geografi	16.1. Teknik Geologi
		16.2. Rekayasa Geografis
		16.3. Teknik Pertambangan
		16.4. Teknik Metalurgi
		16.5. Teknik Sipil
		16.6. Teknik Lingkungan
	17. Fakultas Teknik Industri	17.1. Teknik Industri
		17.2. Teknik Tekstil
		17.3. Teknik Kesehatan dan Keselamatan Kerja
	19. Fakultas Teknik Elektro	19.1. Rekayasa Elektronika
		19.2. Teknik Listrik
		19.3. Teknik Telekomunikasi
		19.4. Teknik Biomedis
	20. Fakultas Teknik Sistem dan Informatika	20.1. Teknisi Sistem
		20.2. Rekayasa Perangkat Lunak
D: ILMU EKONOMI DAN MANAJEMEN	09. Fakultas Ilmu Administrasi	09.1. Administrasi Bisnis
		09.2. Administrasi Pariwisata
		09.3. Manajemen Bisnis Internasional
	11. Fakultas Ilmu Akuntansi	11.1. Akuntansi
		11.2. Manajemen Pajak
		11.3. Audit Bisnis dan Publik
	12. Fakultas Ilmu Ekonomi	12.1. Ekonomi
		12.2. Ekonomi Publik
		12.3. Ekonomi Internasional
E: HUMANITAS DAN ILMU HUKUM DAN SOSIAL	03. Fakultas Sastra dan Ilmu Kemanusiaan	03.1. literatur
		03.2. Filsafat
		03.3. Ilmu Bahasa
		03.4. Komunikasi Sosial
		03.5. Sejarah Seni
		03.6. Ilmu Perpustakaan dan Informasi
		03.7. Menari
		03.8. Konservasi dan Restorasi
	06. Fakultas Ilmu Pendidikan	06.1.1. Pendidikan Awal (PAUD) 06.1.2. Pendidikan Dasar 06.1.3.1. Pendidikan Menengah: Bahasa Inggris dan Spanyol 06.1.3.2. Pendidikan Menengah: Bahasa dan Sastra 06.1.3.3. Pendidikan Menengah: Sejarah dan Geografi 06.1.3.4. Pendidikan Menengah: Filsafat, Bimbingan Belajar dan Ilmu Sosial 06.1.3.5. Pendidikan Menengah: Matematika dan Fisika 06.1.3.6. Pendidikan Menengah: Biologi dan Kimia
		06.2. Pendidikan Jasmani
	02. Fakultas Hukum dan Ilmu Politik	02.1. Hukum
		02.2. Ilmu Politik
	15. Fakultas Ilmu Sosial	15.1. Sejarah
		15.2. Sosiologi
		15.3. Antropologi
		15.4. Arkeologi
		15.5. Pekerjaan Sosial
		15.6. Geografi