Mommsen menerima pengakuan tinggi atas karyanya. Pada 1868 ia dianugerahi Pour le Mérite, dan pada 1902 ia dianugerahi Penghargaan Nobel dalam Sastra untuk karya utama Römische Geschichte antara 1854-1856. Ia adalah salah satu dari sedikit penulis karya non-fiksi yang menerima penghargaan itu.
Mommsen menerbitkan 1500 karya - sebuah bibliografi 1905 mendaftarkan sekitar 1.000 barang - dan secara efektif mendirikan bingkai kerja studi sistematis sejarah Romawi. Ia merintis epigrafi, studi prasasti di artefak bahan. Meski karyanya Römische Geschichte tak selesai, karya ini telah dianggap sebagai karya utamanya, karya yang paling relevan untuk masa kini ialah Corpus Inscriptionum Latinarum, kumpulan inskripsi Romawi yang disumbangkannya ke Akademi Berlin.