Sungai Thaya (bahasa Ceko:Dyjecode: cs is deprecated [ˈdɪjɛ]) adalah sebuah sungai yang terletak di Eropa Tengah. Sungai ini merupakan anak Sungai Morava yang terpanjang. Sungai dengan panjang 223,9km ini mengalir dengan bentuk meander dari barat ke timur di daerah perbatasan antara Austria Hilir di Austria dengan kawasan Moravia Selatan di Ceko, walaupun perbatasannya tidak selalu mengikuti aliran sungai tersebut. Air di sungai ini berasal dari dua sungai yang lebih kecil, yaitu Sungai Thaya Jerman (Deutsche Thaya) dan Thaya Moravia (bahasa Ceko:Moravská Dyjecode: cs is deprecated , bahasa Jerman:Mährische Thayacode: de is deprecated ); kedua sungai ini bertemu di kota Raabs.
Beberapa kota penting yang terletak di tepi sungai Thaya adalah: