Sungai Yubari berasal dari Gunung Hachimori di Pegunungan Yubari, yang terletak di timur laut Kota Yubari, Hokkaido, di perbatasan dengan Kota Minamifurano, Distrik Sorachi, dan mengalir ke arah barat daya, berbelok ke arah barat laut dan bergabung dengan Sungai Ishikari di Kota Ebetsu bagian timur.
Bendungan Yubari Shuparo dan Bendungan Shimizusawa terletak di daerah pegunungan di Kota Yubari.