Hulu sungai Wisconsin ialah di hutan Wisconsin utara. Hulunya merupakan danau kecil di perbatasan antara Wisconsin dan Michigan. Sungai mengalir ke selatan melintasi Wisconsin. Mengalir melewati dataran yang terbuat dari gletser selama abad es. Melalui kota Wausau dan Stevens Point.
Di selatan Wisconsin, sungai bertemu dengan moraine. Moraine itu terbuat selama akhir abad es. Sungai memasuki jurang yang bagus, disebut Lembah Wisconsin. Di utara kota Madison, sungai berbelok ke barat. Mengalir ke barat melalui bukit di Wisconsin barat daya. Bergabung dengan Mississippi 15km di selatan kota Prairie du Chien.
Sungai ini merupakan sumber penting tenaga hidroelektrik.