Sumber sungai ini ialah danau di Minnesota. Danau itu disebut Big Stone Lake. Danau itu merupakan perbatasan antara negara bagian Minnesota dan Dakota Selatan. Dari sumbernya, Minnesota mengalir ke tenggara. Di Mankato, berbelok ke timur laut. Bergabung dengan Mississippi tepat di selatan kota Saint Paul dan Minneapolis.[butuh rujukan]