Sungai Bone berhulu di Kecamatan Pinogu, dan mengalir melalui beberapa kecamatan di Kabupaten Bone Bolango sebelum berakhir di muara yang berada di Kota Gorontalo yang juga merupakan area pelabuhan tempat kapal-kapal niaga bersandar untuk kegiatan bongkar muat.Luas Daerah Aliran Sungai (DAS) Bone mencakup area seluas 1.332km2 (514sqmi)[1] dengan panjang utama Sungai Bone 100 km yang bermuara ke Teluk Tomini dan Laut Maluku